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On sait depuis longtemps que les micro-organismes et notamment les bactéries peuvent posséder des capacités étonnantes de traitement. C’est notamment sur ce principe que fonctionnent la plupart des stations d’épuration des eaux usées en France où des colonies de bactéries gloutonnes digèrent les pollutions pour les réduire ou les supprimer. Des effluents miniers sont également traités par ces techniques depuis quelques années. C’est vrai également pour les déchets ménagers mis en décharge où l’activité bactérienne permet une décomposition rapide et productrice de gaz comme le méthane. Ainsi, de nouvelles ressources énergétiques peuvent être produites à partir de la décomposition de ces déchets.
Des recherches ont déjà prouvé l’efficacité des bactéries dans la biodégradation du phénol, du cyanure, des hydrocarbures, des pesticides ou l’élimination de l’arsenic et de métaux lourds. Mais d’autres perspectives s’ouvrent également dans le combat pour la réduction des impacts du CO2. Ainsi, les hydrocarbures extraits dans les forages pétroliers sont "contaminés" par du CO2 et de l’H2S, qu’il faut séparer avec des techniques coûteuses et polluantes. Les moyens biologiques utilisés in situ, au sein même de la ressource, permettraient de réduire très sensiblement ces problèmes. C’est dire que ces techniques "naturelles" sont appelées à un bel avenir.